A temporada de kart terminou no Reino dos Cogumelos, então Mario e Peach viajaram para o Egito para passar boas férias. No entanto, como seria de esperar, Mario enfrenta problemas novamente ao descobrir uma antiga arma gigante que ativa e dispara dois grandes projéteis contra o nosso herói. Sua única maneira de escapar é correr até encontrar o item mágico que destruirá as balas gigantes. Mas esse item está bem escondido e há um longo caminho antes de alcançá-lo, então Mario precisa escapar de muitas armadilhas, enfrentar zumbis e múmias e encontrar um caminho seguro entre vários obstáculos.